Martin Luther zeigt zunächst durchaus einiges Verständnis für die Forderungen der Bauern. Noch 1525 kritisiert er in seiner Ermahnung zum Frieden das „hochmütige“ Verhalten der Fürsten. Erst als ein Bauernhaufen einen Grafen und seine Begleiter niedermetzelt und dies als „Weinsberger Bluttat“ für besonderes Aufsehen sorgt, schwenkt der Reformator um. Nun ergreift er ganz und gar Partei für die Seite der Obrigkeit und fordert, gegen die „mörderischen und räuberischen Rotten der Bauern“ rücksichtslos vorzugehen: „man soll sie zerschmeißen, würgen, stechen, heimlich und öffentlich, wer da kann, wie man einen tollen Hund erschlagen muss.“ Die „Freiheit eines Christenmenschen“ will Luther allein auf den geistlichen und nicht auf den weltlichen Bereich bezogen wissen.
Der „Bauernkrieg“ ist die früheste politisch-soziale Massenbewegung im deutschen Sprachraum: Von Tirol und der Schweiz über das Elsass und Oberschwaben bis nach Franken und Thüringen rebellieren die Bauern. „Gott geht Euch voran, folget, folget! Lasst euer Schwert nicht kalt werden…!“ Der radikale Reformator Thomas Müntzer steht anders als Luther ganz auf Seiten der Bauern. Für ihn ist das Ende der Welt gekommen, in dem Gott die Mächtigen straft und den Auserwählten das Schwert in die Hand gibt, damit sie den gerechten Gottesstaat auf Erden errichten. Müntzer ist Pfarrer im thüringischen Mühlhausen und steht für die gewaltsame Befreiung der Bauern. Sein Versuch, verschiedene Thüringer Bauernhaufen zu vereinigen, scheitert allerdings. Im Mai 1525 wird er in der Schlacht bei Frankenhausen gefangen genommen, anschließend gefoltert und hingerichtet.
Die Bauern haben gegen die Adligen, ihre Ritter und Landsknechte keine Chance. Denn die sind mit ihren Rüstungen, Schwertern und Kanonen den oft nur mit Dreschflegeln und Sauspießen ausgestatteten Aufständischen hoffnungslos überlegen. Die Schlachten enden überall in einem entsetzlichen Gemetzel. Über 70.000 Tote sind auf Seiten der Bauern zu beklagen. Die Rache an den Aufständischen ist grausam. Die Adligen lassen die Anführer köpfen, erhängen oder vierteilen. Für die Bauern ist es eine Niederlage auf der ganzen Linie.
Langfristig ändert sich aber doch etwas an den Verhältnissen auf dem Land. Vor Gericht werden die Beschwerden der Bauern gegen ihre Grundherren jetzt ernster genommen, und es wird immer häufiger auch gerecht geschlichtet. Einzelnen Forderungen der Bauern wird nachgegeben, die schwersten Missstände beseitigt und Abgaben und Steuern gemildert. Denn die Angst vor neuen Revolten sitzt tief.